Skoven har et utal af stier og veje, hvor kun en del af dem må befærdes med bil. Sønderjyllands mest kendte vandresti – Gendarmstien – går igennem den sydlige del af skoven. Stien fører forbi de mange træer, som står helt tæt på eller tipper udover de stejle skrænter, der fører ned til bugten. Det er også den rute der fører forbi Fiskerhytten og hvis man kommer øst fra, kan man følge stien helt ind til Strandpromenaden i Sønderborg. Fra hytten kan man gå igennem et svært terræn østpå og her få mulighed for at nyde udsigten over Fredsmaj, som indtil 1960 var en eng og nu er et vådområde, hvor alverdens fugle hvert år slår sig ned. 

En tur igennem skoven giver mulighed for at se dyreliv i både store og små udgaver, her i blandt den sjældne grøn kobbervandnymfe guldsmed, løvfrøer, havørnen og dådyr. Mosen midt i skoven samt “Kryb i ly” er begge yndet udflugtsmål for biologi klasser i folkeskolen.  

I udkanten af Sønderskoven ligger Naturskolen Egetoft, som er Naturvejledernes base. Skolen huser en samling af udstoppede danske dyr og udstyr som bliver benyttet i forbindelse med undersøgelser i den omkring liggende natur.  

Udover de mange vandrere er skoven et populært sted at dyrke motion. Her er rig mulighed for at opleve folk på mountainbike, andre der løber og folk til hest. Der er desuden shelter, teltpladser og mulighed for at lave bål flere steder.